2020.10.28

“100만 명 참여한 폴딩앳홈(F@h) 분산형 슈퍼컴 프로젝트, 코로나19 단서 찾았다”

Brian Cheon | CIO KR
크라우드 소싱으로 구축된 2.5엑사플롭스 규모의 분산형 컴퓨팅 프로젝트가 코로나19 바이러스 확산을 멈출 단서를 발견했다고 프로젝트 진행 그룹이 밝혔다. 

100만 명 이상의 자원 봉사자가 참여하는 ‘폴딩앳홈’(Folding @ home ; F@h) 프로젝트는 참여자의 PC가 유휴 상태일 때 생체 의학 연구를 위한 시뮬레이션을 실행하는 분산 컴퓨팅 계획이다. 프로젝트 측은 코로나19 바이러스(SARS-CoV-2)의 단백질을 시뮬레이션함으로써 이 단백질의 특징과 퇴치 방법을 발견하고자 시도하고 있으며, 최근 이와 관련된 결과를 공유했다. (폴딩앳홈과 관련된 좀더 자세한 정보는 '분산 컴퓨팅의 승리' 엑사플롭의 장벽을 먼저 넘은 수천 대의 PC' 기사에서 확인할 수 있다.)

설명에 따르면 F@h는 먼저 3 개의 단백질로 구성된 바이러스 표면에있는 원뿔 모양의 부속물 인 스파이크를 표적으로 삼았다. 스파이크는 인간 세포에 부착되어 침투하고 복제하기 위해 일단 열려야 한다. F@h는 인간 세포 사이의 연결을 억제하는 방법을 찾기 위해 이 개방 프로세스를 시뮬레이션했다. 

새로 발간한 논문에서 F@h 팀은 바이러스의 단백질 유전 정보(proteome)에 대해 ‘전례 없는’ 0.1 초를 시뮬레이션 할 수 있었다고 밝혔다. 그 결과 스파이크 복합체의 개방 상태뿐 아니라 다른 단백질의 형태 변화를 포착했으며, 이는 항 바이러스제 설계를 위한 표적화 옵션을 확장하는 50개 이상의 ‘암호’ 포켓을 드러낸다고 F@h팀은 설명했다. 

워싱턴 대학의 생화학 부교수이자 F@h의 리더인 그렉 보우만 박사는 코로나19 바이러스가 마치 거북이가 껍질을 잡아 당기는 것처럼 수용체 결합 부위를 보호하기 위해 스스로 접어서 면역계에서 스파이크를 숨긴다며, 하지만 결국에는 호스트를 포착하기 위해 스스로를 개방한다고 설명했다. 

보우만 박사는 “이것이 F@h의 목표였다. 우리는 그것이 일어나고 있다는 것을 알았지만 그것이 어떻게 생겼는지는 알지 못했다. 시뮬레이션에서 우리는 실험적으로 본 것보다 훨씬 더 광범위한 개방을 볼 수 있었다”라고 말했다. 

그에 따르면 이번에 발견된 구조적 특징은 유용한 약물 개발의 단초가 될 수 있다. F@h 팀은 모든 데이터를 온라인으로 공유하여 다른 사람들이 바이러스를 이해하고 항 바이러스제를 개발할 수 있도록 한다는 방침이다. 

이를 위해 F@h 팀은 바이러스 복제를 차단하는 작은 분자를 설계하기 위한 개방형 과학 협력 프로젝트인 ‘코비드 문샷’이라는 프로젝트에도 참여하고 있다. 코비드 문샷 팀은 유용한 항 바이러스 약물이 될 가능성이 높은 화학 물질 라이브러리를 탐색하고 있다. 

한편 코로나19 이전의 폴딩앳홈 프로젝트는 3만 명이 참여하는 단촐한 프로젝트였다. 그러나 전염병이 확산되고 엔비디아가 사용자들의 참여를 요청하면서 100만 명의 사용자가 확보됐다. 이에 더해 마이크로소프트, 엔비디아, AMD, 인텔, AWS, 오라클, 시스코, 퓨어스토리지 등이 지원하고 나섰다. 

보우만은 “모든 도움에 대해 매우 감사하고 있다. 시민 과학자들의 엄청난 지원과 기술 기업들의 도움은 우리가 다른 방법으로는 가질 수 없었을 과학적 기회를 열어냈다”라고 말했다. F@H 프로젝트가 확보한 연산력은 2.5엑사플롭스 이상에 이르렀던 바 있다. 보우만은 10월 말 현재 247페타플롭스로 떨어졌지만, 여전히 미국에서 가장 빠른 슈퍼 컴퓨터인 서밋보다 강력한 수치라고 전했다. ciokr@idg.co.kr
 



2020.10.28

“100만 명 참여한 폴딩앳홈(F@h) 분산형 슈퍼컴 프로젝트, 코로나19 단서 찾았다”

Brian Cheon | CIO KR
크라우드 소싱으로 구축된 2.5엑사플롭스 규모의 분산형 컴퓨팅 프로젝트가 코로나19 바이러스 확산을 멈출 단서를 발견했다고 프로젝트 진행 그룹이 밝혔다. 

100만 명 이상의 자원 봉사자가 참여하는 ‘폴딩앳홈’(Folding @ home ; F@h) 프로젝트는 참여자의 PC가 유휴 상태일 때 생체 의학 연구를 위한 시뮬레이션을 실행하는 분산 컴퓨팅 계획이다. 프로젝트 측은 코로나19 바이러스(SARS-CoV-2)의 단백질을 시뮬레이션함으로써 이 단백질의 특징과 퇴치 방법을 발견하고자 시도하고 있으며, 최근 이와 관련된 결과를 공유했다. (폴딩앳홈과 관련된 좀더 자세한 정보는 '분산 컴퓨팅의 승리' 엑사플롭의 장벽을 먼저 넘은 수천 대의 PC' 기사에서 확인할 수 있다.)

설명에 따르면 F@h는 먼저 3 개의 단백질로 구성된 바이러스 표면에있는 원뿔 모양의 부속물 인 스파이크를 표적으로 삼았다. 스파이크는 인간 세포에 부착되어 침투하고 복제하기 위해 일단 열려야 한다. F@h는 인간 세포 사이의 연결을 억제하는 방법을 찾기 위해 이 개방 프로세스를 시뮬레이션했다. 

새로 발간한 논문에서 F@h 팀은 바이러스의 단백질 유전 정보(proteome)에 대해 ‘전례 없는’ 0.1 초를 시뮬레이션 할 수 있었다고 밝혔다. 그 결과 스파이크 복합체의 개방 상태뿐 아니라 다른 단백질의 형태 변화를 포착했으며, 이는 항 바이러스제 설계를 위한 표적화 옵션을 확장하는 50개 이상의 ‘암호’ 포켓을 드러낸다고 F@h팀은 설명했다. 

워싱턴 대학의 생화학 부교수이자 F@h의 리더인 그렉 보우만 박사는 코로나19 바이러스가 마치 거북이가 껍질을 잡아 당기는 것처럼 수용체 결합 부위를 보호하기 위해 스스로 접어서 면역계에서 스파이크를 숨긴다며, 하지만 결국에는 호스트를 포착하기 위해 스스로를 개방한다고 설명했다. 

보우만 박사는 “이것이 F@h의 목표였다. 우리는 그것이 일어나고 있다는 것을 알았지만 그것이 어떻게 생겼는지는 알지 못했다. 시뮬레이션에서 우리는 실험적으로 본 것보다 훨씬 더 광범위한 개방을 볼 수 있었다”라고 말했다. 

그에 따르면 이번에 발견된 구조적 특징은 유용한 약물 개발의 단초가 될 수 있다. F@h 팀은 모든 데이터를 온라인으로 공유하여 다른 사람들이 바이러스를 이해하고 항 바이러스제를 개발할 수 있도록 한다는 방침이다. 

이를 위해 F@h 팀은 바이러스 복제를 차단하는 작은 분자를 설계하기 위한 개방형 과학 협력 프로젝트인 ‘코비드 문샷’이라는 프로젝트에도 참여하고 있다. 코비드 문샷 팀은 유용한 항 바이러스 약물이 될 가능성이 높은 화학 물질 라이브러리를 탐색하고 있다. 

한편 코로나19 이전의 폴딩앳홈 프로젝트는 3만 명이 참여하는 단촐한 프로젝트였다. 그러나 전염병이 확산되고 엔비디아가 사용자들의 참여를 요청하면서 100만 명의 사용자가 확보됐다. 이에 더해 마이크로소프트, 엔비디아, AMD, 인텔, AWS, 오라클, 시스코, 퓨어스토리지 등이 지원하고 나섰다. 

보우만은 “모든 도움에 대해 매우 감사하고 있다. 시민 과학자들의 엄청난 지원과 기술 기업들의 도움은 우리가 다른 방법으로는 가질 수 없었을 과학적 기회를 열어냈다”라고 말했다. F@H 프로젝트가 확보한 연산력은 2.5엑사플롭스 이상에 이르렀던 바 있다. 보우만은 10월 말 현재 247페타플롭스로 떨어졌지만, 여전히 미국에서 가장 빠른 슈퍼 컴퓨터인 서밋보다 강력한 수치라고 전했다. ciokr@idg.co.kr
 

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