마제야 2의 사용자들은 원하는 모든 앱을 사용할 수 있으며, 번들 소프트웨어를 사용하거나 저장소에서 손쉽게 다운로드 할 수 있다. 그 예로, 멀티미디어를 위한 엠플레이어(MPlayer, 아래 참조)뿐만이 아니라 파이어폭스, 크로미움(Chromium), 썬더버드(Thunderbird), 리브레오피스, 건캐시(GnuCash), 인스턴트 메시지 교환을 위한 피진(Pidgin), 그래픽 작업을 위한 김프(GIMP), 버추얼박스(VirtualBox), 와인(Wine), VoIP를 위한 에키가(Ekiga) 등이 있다.